J. Milvydo projektuotoje LR švietimo ministro J. Tonkūno viloje, Japonijos atstovybė įsikūrė vos ją pastačius – 1939 m. Čia savo žygdarbį bendradarbiaudamas su Nyderlandų konsulu Janu Zwartendijku ir padedamas Lenkijos pogrindžio pradėjo Japonijos konsulas Čijunė Sugihara.
Sugihara į jį besikreipusiems žydams išdavė 2 139 tranzitines vizas. Sovietų valdžios liepimu uždarius konsulatą Č. Sugihara iki pat išvykdamas iš Lietuvos dirbo apsigyvenęs „Metropolio“ viešbutyje. Manoma, kad bendrai jis galėjo išgelbėti apie  6 tūkst. gyvybių (viza galiojo visai šeimai).
Pagrindinis įėjimas į namą, itin būdingas tarpukario Kauno viloms, konsulato raštinė buvo įkurta cokoliniame aukšte, pirmajame gyveno Sugihara su šeima. Beje, trečiasis  sūnus Haruki gimė Kaune, P. Mažylio ligoninėje.
Sugiharos namai – svarbus Japonijos, Nyderlandų, Izraelio, Lenkijos ir Lietuvos santykių židinys. Pastate veikia Sugiharos, Zwartendijko darbams atminti, taip pat Lietuvos situacijai 1939 – 1940 m. pristatyti skirtas muziejus, kuriuo rūpinasi Sugiharos fondas Diplomatai už gyvybę.