Kauno miesto muziejaus istorijos pradžia – 1882 metai, kai Kaune pradėta statyti pirmaklasė tvirtovė. Tuomet, kasant tranšėjas fortams, su kitais ekspertais dirbęs inžinierius E. I. Golyškinas pastebėjo įdomių paleontologijos pavyzdžių ir pradėjo juos rinkti. Surinkęs nemažą radinių kolekciją (apie 1000 vienetų) bei pasitaręs su Peterburgo imperatoriškąja archeologijos komisija, nutarė ją perduoti Kauno miesto valdybai. Kolekcijos perduotos 1897 m. liepos 30 d. Jų pagrindu buvo pradėtas kurti miesto muziejus, kuriam paskirta patalpa miesto rotušėje. Pirmuoju muziejaus vedėju buvo gubernijos statistikos komiteto narys, Kauno mergaičių gimnazijos istorijos mokytojas Konstantinas Gukovskis, domėjęsis Lietuvos praeitimi, liaudies menu ir kalba. 

Gausėjant eksponatams, muziejaus patalpos pasidarė ankštos ir jose įrengti didesnę ekspoziciją pasidarė neįmanoma. Neturėdama kitos išeities, mažiau muziejaus pobūdį atitinkančius eksponatus vadovybė stengėsi perduoti kitiems muziejams. 1936 m. įsteigus Kultūros muziejų, Miesto muziejus buvo likviduotas, eksponatai išskirstyti.

Kauno miesto muziejus atkurtas Kauno miesto tarybos 2005 m. spalio 20 d. sprendimu, kaip savivaldybės biudžetinė įstaiga. Lankytojams duris muziejus atvėrė 2008 m. vasario 15 d., pristatydamas ekspoziciją „Kaunas laiko ženkluose: nuo ištakų iki 1940 metų“, skirtą Kauno savivaldos 600-osioms metinėms.

Nuotraukos: Kauno muziejaus