Das Museum wurde am 18. November 2001 zum 120-jährigen Jubiläum des Bildhauers Juozas Zikaras eröffnet. Bereits 1959 richtete seine Tochter Alytė Zikaraitė in der ehemaligen Werkstatt des Vaters eine kleine Ausstellung ein, die sich seinen Arbeiten widmete. Nach dem Tod überließ sie das Haus des Vaters samt seinen Werken dem M.-K.-Čiurlionis-Kunstmuseum. Hier wurde das Juozas-Zikaras-Wohnhaus-Museum gegründet. Es besteht aus ehemaligen Wohnräumen, Werkstatt des Künstlers und einem Garten.